Скайтерьер Марии после ее смерти отказался есть и умер от страданий.
Для того чтобы доказать всему миру, что она не желала смерти королеве Скоттов, Елизавета приказала устроить ей пышные похороны в Петерборо. Когда останки Марии везли в кафедральный собор, на черном бархатном покрове гроба лежала золотая корона. Гроб с ее телом оставался в соборе в течении двадцати лет, пока ее сын Иаков не приказал перевести его в Вестминстерское аббатство и поместить в центральном нефе церкви Генриха VII.
Много было друзей, оплакивавших Марию. Сетон, которая сама еще недолго прожила в своем монастыре; Джейн и Эндрю Мелвил; чета Керль; Бесси; Жак; все ее друзья в Шотландии и во Франции; были такие и в Англии, так как все, знавшие ее, даже такие, как Шрусбери и Паулет, не могли без уважения вспоминать о ней.
Королева Скоттов умерла. Но многим казалось, что она все еще жива, потому что для них — и для многих после них — она не могла умереть никогда; и в грядущие века найдутся те, кто будет любить и оплакивать ее.