….Сразу же после того, как похоронили этих несчастных принцев, которые, как говорили люди, обладали необычайной красотой, население собралось у ворот, чтобы поглазеть на выселение из сераля их матерей и других жен монарха [Мурада III] вместе с их детьми и их добром. Для этой цели пришлось использовать все кареты и экипажи и всех мулов, лошадей, какие только были при дворе. Кроме жен монарха и двадцати семи дочерей, там было двести других [женщин] нянек и невольниц, и их отвезли в Эски Сарай, где обитают жены и дочери почивших султанов вместе с их евнухами, которые охраняли их и служили им с соблюдением всех почестей. Там они могут оплакивать своих покойных сыновей сколько им угодно. Были также отосланы все няньки и опекуны его покойных братьев и карлики, которые были там ради развлечения… Говорят, что их выселили из сераля, потому что султан не слишком любит такой люд».
Боязнь заговора со стороны ближайших родственников стала причиной того, что Мехмед ввел пагубный обычай не давать шехзаде (своим сыновьям) принимать даже малейшее участие в управлении империей (как это делалось испокон веков). Сыновья Мехмеда содержались взаперти в гареме в павильоне, который так и назывался: «Клетка» (Kafes). Во время своего правления Мехмед казнил поочередно двух своих сыновей, которых параноидально заподозрил в заговоре против трона.
Сразу же после прихода Мехмеда к власти янычары подняли мятеж и потребовали повышения жалованья и других привилегий. Мехмед удовлетворил их требования, однако вскоре вспыхнули беспорядки среди населения Стамбула, которые приняли более широкий размах. Их удалось подавить только после того, как визирь Ферхад-паша вывел на улицы артиллерию, смертоносный огонь которой быстро образумил бунтовщиков.
Через год после своего восшествия на престол Мехмед III решил организовать очередной поход против Габсбургов, лично возглавив армию. Эту мысль Мехмеду внушил его наставник Садеддин Ходжа, который убедил султана в «необходимости завоеваний и добродетелях священной войны». В тот период это имело особое значение, поскольку турецким войскам, потерпевшим ряд серьезных поражений от христиан, нужно было вновь обрести уверенность в своих силах. Валиде-султан Сафие была непримиримо настроена против того, чтобы ее сын отправился на войну. Она стала действовать через любимую наложницу Мехмеда, которая по наущению Сафие пыталась уговорить султана изменить свое решение. Однако это стоило девушке жизни. В донесении, датированном 6 июля 1596 года, венецианский дипломат Марко Веньер писал по этому поводу:
«Откладывать поход дальше для султана было уже невозможно. Султанша-мать, разгневанная предстоящим отъездом сына, убедила девушку исключительной красоты, от которой он был без ума, умолять его не уезжать. Она так и сделала, когда однажды они были вместе в саду, однако любовь султана внезапно перешла в ярость, и, выхватив свой кинжал, он убил девушку. С тех пор никто не осмеливался затрагивать этот предмет».
В этом походе Мехмеда сопровождал Эдвард Бартон, английский посол при Высокой Порте, как тогда принято было в дипломатических кругах Европы именовать султанский двор. Бартон через посредство Сафие установил теплые отношения с султаном, который пригласил его участвовать в походе. При этом Мехмед III имел также в виду возможное использование Бартона в качестве посредника в деле налаживания контактов с Габсбургами.
12 октября 1596 года османская армия захватила крепость Эрлау в северной Венгрии, а две недели спустя она встретилась с основными силами Габсбургской армии, которые заняли хорошо укрепленные позиции на равнине Мезёкёвешд. В этот момент у Мехмеда сдали нервы, и он уже был готов бросить свои войска и возвратиться в Стамбул, однако визирь Синан-паша убедил его остаться. Когда на следующий день, 26 октября, обе армии сошлись в решающей битве, Мехмед устрашился и собирался было бежать с поля боя, однако Седеддин Ходжа одел на султана священный илаш пророка Мухаммеда и буквально вынудил его присоединиться к сражающимся войскам. Результатом сражения стала неожиданная победа турок, а Мехмед заработал себе прозвище Гази. Хронист Хасан Кафа эль-Акхисара воспел ему славу, назвав его «императором, покоряющим мир, султаном Гази Мехмед-ханом».
После своего триумфального возвращения Мехмед III никогда больше не водил свои войска в поход. Венецианский посол Джироламо Капелло писал:
«Врачи объявили, что султан не может идти на войну по причине его плохого здоровья, вызванного излишествами в еде и питье».
Умиротворенная Софие, которой больше не нужно было беспокоиться о любимом сыне, подвергавшем свою жизнь опасности на поле брани, разъезжала по улочкам Стамбула на красивом экипаже, стоившем несметных денег – подарке английской королевы Елизаветы. Простолюдины любили Сафие, однако армия и улемы (мусульманские богословы и законоведы) выражали все большее недовольство тем, что Валиде оказывает столь сильное влияние на султана. Английский дипломат Генри Лелло писал об этом в своем донесении:
«Она [Сафие] всегда была в фаворе и целиком подчинила себе своего сына; несмотря на это, муфтии и военачальники часто жалуются на нее своему монарху, указывая на то, что она вводит его в заблуждение и властвует над ним».